Zacatlán se localiza en la vertiente hidrografía septentrional del Estado de Puebla, que está formada por las cuencas parciales RH 18 ó Balsas, RH 26 ó Pánuco y RH 27 ó Tuxpan-Nautla, que desembocan en el Golfo de México y se caracteriza por ríos pertenecientes a la cuenta del Río Tecolutla, afluente de varios ríos que desembocan en el golfo de México, entre los que destacan: el río Axaxalpan.

Los ríos Tuliman, Hueyapan, Cedazo, Maquixtla, Tepexco, la Ferrería, Tlayaquia y Atlixcala, se originan en las estibaciones orientales del altiplano y corren paralelos de oeste a este, para unirse al Laxaxalpan en el Río Cananutla.

El río Atotonilco que nace al suroeste y forma el Totolapa, afluente del Necaxa, que a su vez se une con el Tecolutla por último de las estibaciones septentrionales y occidentales del altiplano, se desprenden una serie de arroyos intermitentes que se encauzan al Río Atotonilco, el Tolapa o hacia la Presa de Tenango.